RNA World (beta)

RNA World (beta) needs donations

The RNA World (beta) project needs donations to cover the BOINC project server (bandwidth and traffic) costs. Please support us and donate!

About RNA World (beta)

RNA World (beta) is a distributed supercomputer that uses Internet-connected computers to advance RNA-related research. You can participate by downloading and running a free program on your computer.

Important information for users with VirtualBox installed

If you have VirtualBox installed on your computer and participate in this project please note:

  • in order to get tasks your CPU needs to have virtualisation capabilities (AMD-v or VT-x)
  • those virtualisation capabilities need to be enabled in your BIOS settings or all tasks will error out
  • you need at least VirtualBox 4.0.10 (4.3.6 is recommended)
  • a BOINC client of at least 7.2.33 is recommended
  • the cmsearch VM application is still in testing you may abort every task with a strange behaviour (partial credit is granted)
If you don't want to get work for the VM application please disable "cmsearch VM" in your project preferences.

RNA World (beta) is based at the Rechenkraft.net e.V. research facility located in Germany.

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User of the day

Profile Diego Aliprandi [Lombardia]
Hi, my name is Diego Aliprandi, I am an Electronic Engeneer involved in the machine vision business. I am trying to do a little in helping research all...

News

  • A first prototype of the results database

    Just a brief information: Christian informed me that an initial prototype of the RNA World results database is now ready for internal testing.
    As some of you might know, we were kind of overwhelmed by the tremendous amount of data that is being generated by this project (must be something around 8 TB by now - in compressed form, of course). So we figured that we would have to create a custom database design to efficiently cope with long-term data storage, straight forward data analysis and convenient web-access to the the data sets and the derived results.

    Eine kurze Hintergrundinformation: Christian hat mich informiert, dass der erste Prototyp unserer RNA World Ergebnisdatenbank zu internen Testzwecken bereit steht.
    Wie einige von euch wissen, sind wir von der schier ungeahnten Menge an generierten Datensätzen ziemlich überrascht worden (es müssen mittlerweile etwa 8 TB sein - in komprimierter Form, versteht sich). Wir sind deshalb zu dem Schluss gekommen, dass es unumgänglich ist, in Eigenarbeit eine speziell auf unsere Bedürfnisse zugeschnittene Datenabank zu erzeugen, damit die Langzeitspeicherung der Rohdaten, eine effiziente Datenanalyse und ein möglichst selbsterklärender Zugriff auf die Datensätze und Ergebnisse sichergestellt werden kann.

    Michael.

    10 Jul 2015, 12:27:11 UTC · Comment

  • Manual WU inspection in progress

    Besides implementing the virtual screening pipeline on the RNA World server, we are currently working on the inspection of the results of the very long running tasks you have returned to our server. This is quite time-consuming, because we have to do this manually as there is no BOINC-based automated way of validating the results of XXL WUs versus those of the more recently developed VM-based WUs. As a result of our progress, you may have noticed, that from time to time our server will hand out a few more of the challenging tasks. Of course, all of these will be of the VM-type so you do not have to worry about checkpointing and the missing of deadlines as these WUs auto-extend the deadlines as long as your machine is online from time to time and can contact our server to provide progress information.

    Neben der Implementierung unserer "Virtual Screeening"-Pipeline auf dem RNA World Server, befassen wir uns derzeit mit der Validierung der Ergebnisse der von euch zurückgelieferten "Langläufer"-WUs. Dies ist insofern sehr zeitaufwändig, als wir dies nur durch manuelle Inspektion abarbeiten können, da es unter BOINC keine server-automatisierte Möglichkeit gibt, die Ergebnisse der älteren XXL-WUs mit denen der neueren VM-WUs abzugleichen. Als Resultat unserer Aktivitäten werdet ihr vermutlich bereits festgestellt haben, dass unser Server von Zeit zu Zeit erneut einige der aufwändigeren WUs ausliefert. Diese sind allesamt vom VM-Typ, sodass ihr euch keine Sorgen über fehlendes Checkpointing oder Abgabefristen zu machen braucht, da sich die Abgabefristen dieser WUs automatisch verlängern, solange eure Maschine von Zeit zu Zeit Kontakt mit unserem Server aufnehmen kann.

    Michael.

    19 Jun 2015, 10:34:27 UTC · Comment

  • A virtual screening pipeline for RNA World

    After quite some work, only a few day ago, I successfully finished the local experiments and the compilation of a proper process / protocol documentation aiming at setting up a virtual screening pipeline within the RNA World framework.
    One of the next steps will be the incorporation of the required new applications into our BOINC server infrastructure.
    Of course, besides aiming at examining RNA-binding proteins, I am also (and in fact primarily) interested in using RNAs as target structures to find molecular binders that enhance/interfere with RNA functions.

    Nach einigen Vorarbeiten konnte ich vor ein paar Tagen die lokalen Experimente und die zugehörige Prozessdokumentation für das Aufsetzen einer "virtual screening"-Pipeline im Rahmen von RNA World abschliessen.
    Als nächstes steht nun u.a. die Einbindung der erforderlichen neuen Applikationen in unsere BOINC-Serverinfrastruktur an.
    Selbstverständlich interessiere ich mich neben der Untersuchung RNA-bindender Proteine auch (und eigentlich in erster Linie) dafür, RNAs als Zielstrukturen einzusetzen, um daran bindende Moleküle zu identifizieren, welche die jeweilige RNA in ihrer Funktion beeinträchtigen.

    Michael.

    7 May 2015, 11:52:42 UTC · Comment

  • Power outage simulation on 25th of March 2015

    Our server has successfully migrated to its final destination, the new RNA World laboratory (details will follow).
    On 25th of March, presumably between 3-4 pm local time (GMT+1), a general power failure will be artificially caused in order to check whether all priority electrical systems will successfully switch to the emergency power infrastructure.
    The RNA World server will be inaccessible during this short test period.

    Unser Server wurde erfolgreich an seinen endgültigen Standort verfrachtet, das neue RNA World Labor (Details folgen).
    Am 25 März wird voraussichtlich zwischen 15-16 Uhr lokaler Zeit (GMT+1), ein vollständiger Stromausfall simuliert, um zu prüfen, ob alle elektrischen Primärsysteme problemlos durch die Notstromversorgung am Laufen gehalten werden.
    Der RNA World Server wird in dieser kurzen Zeitspanne vom Netz gehen.

    Michael.

    11 Mar 2015, 11:57:24 UTC · Comment

  • Happy new year!

    The RNA World team would like to wish all of you a happy new year! We hope, you had a nice christmas season and thanks a lot again for your continued support of our project.
    After having solved a number of issues with the VM checkpointing approach, soon we plan to release new work units - just stay tuned.

    Wir wünschen euch allen ein glückliches neues Jahr und hoffen, dass ihr ein schönes Weihnachtsfest verbringen konntet. Vielen Dank noch einmal für eure anhaltende Unterstützung dieses Projekts.
    Nachdem noch einige Probleme mit unserem VM-Checkpointing-Ansatz gelöst werden konnten, planen wir demnächst wieder neue Aufgaben auszugeben.

    Michael.

    1 Jan 2015, 17:00:32 UTC · Comment

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