Posts by Michael H.W. Weber

81) Message boards : News : OSX client released (Message 215) Posted 14 Oct 2010 by Michael H.W. Weber Post: Those of you who have a MAC might want to try our new OSX client. In case you observe any unexpected problems, please report these in our forum. Wir haben seit heute OSX-Unterstützung im Programm. Wer möchte, kann ja seinen Mac mal auf RNA World ansetzen. Sollte es unerwarteter Weise Probleme geben, bitte berichtet diese in unserem Forum. Michael.
82) Message boards : News : Neue Binaries für Linux (Message 214) Posted 10 Oct 2010 by Michael H.W. Weber Post: Auch die Linux x32/64 Binaries für CMSEARCH sind inzwischen durch verbesserte, neue ersetzt worden. In einigen Tagen werden wir ein weiteres Mal die Binaries tauschen, um eine weitere ca. 10%ige Geschwindigkeitsverbesserung nutzbar zu machen, die wir durch Einsatz des Intel C++ Compilers herauskitzeln konnten (auch AMD CPUs werden genau wie Intel CPUs von diesen Verbesserungen profitieren). Michael.
83) Message boards : News : New binaries for Linux (Message 213) Posted 9 Oct 2010 by Michael H.W. Weber Post: In the meantime we have also replaced the Linux CMSEARCH x32/64 binaries. In a few days, we intend to again change all binaries to add another approx. 10% performance improvement by usage of the Intel C++ Compiler (yes, AMD CPUs will profit the same way as Intel CPUs do). Michael.
84) Message boards : News : New binaries for Windows machines (Message 212) Posted 7 Oct 2010 by Michael H.W. Weber Post: As of today, new binaries for CMSEARCH have been released for Windows 32/64 bit systems. These should solve a bug which was identified with a very demanding subset of WUs. Our tests have shown that this bug should no longer occur. New binaries for Linux machines will be released soon as well. We are currently testing some additional speed improvements for Linux using the Intel compiler. Seit heute gibt es neue CMSEARCH Binaries für Windows 32/64-Bit Maschinen, die einen Fehler beheben, der bei einigen sehr anspruchsvollen WUs auftrat. Unsere Tests zeigen, dass dieser Fehler nun nicht mehr vorkommt. Auch für Linux werden wir schon sehr bald neue Binaries anbieten können. Hier testen wir gerade noch die Möglichkeit einer zusätzlichen Geschwindigkeitsverbesserung durch Nutzung eines Intel-Compilers. Michael.
85) Message boards : News : RNA World conference presentation (Message 211) Posted 19 Sep 2010 by Michael H.W. Weber Post: After the RNA World project presentation at the RNA 2010 conference in June in Seattle/USA and a seminar talk given at the Massachusetts Institute of Technology in Cambridge/USA on 9th of September, the RNA World project team currently presents the RNA World distributed supercomputer project outline and some of the acquired results at the 126th conference of the Gesellschaft Deutscher Naturforscher und Ärzte e. V. (GDNÄ) in Dresden/Germany (Twitter tweets). Nach der Präsentation des RNA World Projekts im Juni auf der RNA 2010 Konferenz in Seattle/USA und einem Seminarvortrag am Massachusetts Institute of Technology in Cambridge/USA am 9. September, präsentiert das RNA World Projektteam das RNA World Supercomputerkonzept und einige wissenschaftliche Ergebnisse aktuell auf der 126.Versammlung der Gesellschaft Deutscher Naturforscher und Ärzte e. V. (GDNÄ) in Dresden/BRD (Twitter tweets). Michael.
86) Message boards : News : WU reload (Message 210) Posted 19 Sep 2010 by Michael H.W. Weber Post: Der Server erholt sich nun allmählich. Michael.
87) Message boards : News : WU reload (Message 208) Posted 10 Sep 2010 by Michael H.W. Weber Post: As a consequence of the recently experienced WU shortage we have spent the past week processing much more work. A series of CMC WU archives has been uploaded to the server and is currently pouring into the hooked-up Linux-x64 machines (Windows will be served with CMC thereafter). Due to the longer runtimes, these WUs should in the first place keep the Linux-x64 boxes busy for a while. In parallel to that, we have decided to again close in on the large eukaryotic genomes (but this time limited to 5-50 MB in size if uncompressed to avoid RAM issues on your machines). Therefore, a large set of CMSEARCH WUs containing these genomes has now been deposited on the server as well and will be delivered to the remaining systems. We expect these to also cause extended runtimes. These two procedures should help reduce your client machine's WU requests and give our server some time to generate progressingly more work for you. Of course, additionally we have significantly increased the number of WUs the server will have to have ready in store for future requests. During this attempt of refilling our machine, it would be helpful if you guys could try not to bunker work, so that all machines can be saturated for a while with 'long runners'. We are considering hooking up additional servers to RNA World as soon as possible to increase our capacity of WU preparation. Irrespective of the trouble caused due to the massive WU requests from your side over the past two weeks, I would like to thank you for your massive support which allowed for the completion of a really amazing amount of work in a very short period of time. Angesichts der Tatsache, dass unser Server mit der WU Produktion trotz ausreichender Arbeitsarchive nicht mehr nachkam, haben wir die letzte Woche damit verbracht, Lösungen für das Problem zu finden. Es wurden massiv neue Archive für CMC und CMS erzeugt und auf dem Server bereitgestellt. Die Laufzeiten dieser Archive sind länger, als was wir bislang im Angebot hatten. Zuerst werden CMCs an Linux-x64 ausgegeben, um diesen Typ von Maschinen abzusättigen (Windows wird danach bedient). Parallel dazu werden wir einen zweiten CMSEARCH Versuch starten, die grossen Eukaryonten Genome zu bearbeiten. Diesmal haben wir die Genomgrößen allerdings auf 5-50 MB (unkomprimiert) limitiert, um nicht erneut auf euren Maschinen einen radikalen RAM-Mangel hervorzurufen. Damit sollten jetzt die Laufzeiten, der ab sofort ausgegebenen WUs erst einmal merklich ansteigen, was unserem Server Zeit verschafft, ausreichend Arbeit nachzuproduzieren. Wir haben zudem die Zahl der vorzuhaltendern WUs dramatisch hochgesetzt (bislang hatten wir dort 150k eingestellt, was für 2,5 TFLOPS Peakleistung ausreichend war; anvisiert sind nun über eine Million unter die der Server dann nach einmaligem Erreichen nie mehr kommen darf). Es wäre sehr hilfreich, wenn ihr das Bunkern von Arbeit in dieser WU Auffüllphase vermeiden könntet. Je breiter lang laufende WUs verteilt werden, desto eher kommt der Server wieder auf die Beine und desto kontinuierlicher werdet ihr mit Arbeit beliefert. Wir bemühen uns übrigens, baldmöglichst RNA World mit weiteren Servern ergänzen zu können, damit in Zukunft kein WU-Mangel mehr auftritt und solche Rennen ohne Probleme auch unangekündigt stattfinden können. Trotz der Probleme, die wir diesmal mit dem Nachproduzieren von WUs hatten, möchte ich an dieser Stelle die Gelegenheit nicht auslassen, euch für die massive Unterstützung zu danken. Was ihr da in den letzten Tagen an Aufgaben 'weggeknackt' habt, ist mehr als beeindruckend. Michael.
88) Message boards : News : WU shortage (Message 207) Posted 3 Sep 2010 by Michael H.W. Weber Post: Due to an excellent, but unfortunately unannounced race with tremendous throughput (increase of compute power from approx. 2.5 TFLOPS to above 4.5 TFLOPS within only two days), our WU buffer has been sucked dry. Although we have more than enough work for even more participants, RNA World WU production is computationally expensive (for each WU that can be delivered, a mini simulation has to be carried out on the server), so our server currently can't keep up with the demand. Whatever is produced is downloaded almost instantly. On top of that the current WUs appear rather short (WU runtimes can not be deduced without the results from the mini simulations). We now try to feed in some longer running tasks over the weekend but still it may take quite some time to refill the buffers although the server works on refilling constantly. Aufgrund eines hervorragenden, aber leider unangekündigten Rennens, bei dem die Rechenleistung von RNA World von 2,5 TFLOPS innerhalb von nur zwei Tagen auf über 4,5 TFLOPS anstieg, ist unser WU Vorrat sozusagen abgegrast. Obwohl wir mehr als genug Arbeit für noch wesentlich mehr Teilnehmer haben, kommen wir momentan mit der WU-Produktion nicht nach, da diese im Gegensatz zu vielen anderen Projekten äusserst rechenintensiv ist (für jede WU muss auf dem Server eine kleine Minisimulation durchgeführt werden). Was immer an WUs produziert wird, laden die vielen Clients nahezu sofort wieder herunter und leider sind die momentan produzierten WUs etwas kurz (was wir ohne die Minisimulation auch nicht vorhersehen können). Wir probieren jetzt über das Wochenende selektiv längere Tasks einzuspeisen, um dem Server Zeit zu geben, den Arbeitspuffer wieder hochzufahren. Dieser war bislang auf 100k WUs gesetzt, die immer auf Vorrat sein müssen und wurde gestern angesichts der aktuellen Verdopplung der Projektleistung erst mal verdreifacht. Michael.
89) Message boards : News : New WU information panels available (Message 206) Posted 24 Aug 2010 by Michael H.W. Weber Post: We have developed a small script that generates a graphical overview of a given CMCALIBRATE WU set regarding expected runtime requirements. See below for links to the figures (SEED, FULL, COMBINED). We plan to implement this in a fully automated manner for CMSEARCH as well. A central display URL will be selected soon (probably on the server status page). Wir haben ein kleines Skript entwickelt, welches euch einen grafischen Überblick über die zu erwartenden Laufzeiten der aktuellen CMCALIBRATE WU-Archive gibt. Dieses wollen wir bald voll automatisiert an zentraler Stelle (wahrscheinlich auf der Server-Satusseite) auch für jedes ausgelieferte CMSEARCH WU-Archiv verfügbar machen. SEED: http://www.rnaworld.de/rnaworld/cmc_rfam10_seed.png FULL: http://www.rnaworld.de/rnaworld/cmc_rfam10_full.png COMBINED: http://www.rnaworld.de/rnaworld/cmc_rfam10_both.png Michael.
90) Message boards : News : Virusscanner issues - all false positives (Message 205) Posted 21 Aug 2010 by Michael H.W. Weber Post: Here the feedback from Kaspersky antivirus scanner team who also confirm that our code is OK: Hello, Sorry, it was a false detection. It will be fixed in the next update. Thank you for your help. ------------------------------------------- Regards, Ivan Kargapoltsev. Virus analyst , Kaspersky Lab. Michael.
91) Message boards : News : Virusscanner issues - all false positives (Message 203) Posted 21 Aug 2010 by Michael H.W. Weber Post: Since a few days, some of the current virus scanners, as e.g. AntiVir, report a virus threat for the RNA World-associated file graphics_0.06_windows_intelx86.exe. This is a false positive detection that relates to the imperfect heuristics of these types of software. We have already informed the the antivirus scanner company AntiVir and they confirmed that this file is NOT a virus (we have that in writing!). As a consequence, the false-positive detection will be fixed in one of the next scanner updates. However, you need to take immediate action to prevent your machines from trashing one RNA World WU after the other if your system is Windows-based. You need to exclude the RNA World work directory from being scanned as long as the company has not fixed that issue. Please note, that RNA World will NEVER distribute malware! Thanks to the people who came to our forum and brought this issue to our attention such that we could inspect it in detail and solve the problem. Seit einigen Tagen melden einige Virenscanner (u.a. z.B. AntiVir) für die RNA World assoziierte Datei graphics_0.06_windows_intelx86.exe einen Virus (WORM/Autorun.blot). Hierbei handelt es sich um eine Falschmeldung, wie uns die Firma AntiVir schriftlich bestätigte. Das Problem wird zumindest von AntiVir in einer der nächsten Versionen behoben sein. Dennoch ist ein sofortiges Eingreifen unter Windows erforderlich, indem einfach das RNA World Arbeitsverzeichnis in der Virenscannerkonfiguration von der Virensuche ausgenommen wird - zumindest solange, bis das Problem vom Hersteller behoben wurde. Hintergrund ist die ärgerliche Tatsache, dass sonst u.U. eine WU nach der anderen geschrottet werden kann. Generell gilt: RNA World versendet NIEMALS Malware. Vielen Dank an die Leute, die uns dieses Problem in unserem Forum gemeldet und somit dazu beigetragen haben, dass wir es aufklären und eine Lösung finden konnten. Michael.
92) Message boards : News : CMCALIBRATE WUs uploaded (Message 202) Posted 15 Aug 2010 by Michael H.W. Weber Post: As announced, the second Rfam 10.0-based CMCALIBRATE WU set has been uploaded to the server and will be processed as soon as the current WU archive generation (CMSEARCH) has completed. Wie angekündigt wurde das zweite Rfam 10.0 basierte CMCALIBRATE WU Archiv auf den Server hochgeladen und wird ausgeliefert, sobald der Server die aktuelle WU-Generierung (CMSEARCH-Archiv) fertiggestellt hat. Michael.
93) Message boards : News : Final round of Rfam 10.0 CMCALIBRATE WUs (Message 201) Posted 13 Aug 2010 by Michael H.W. Weber Post: The CMCALIBRATE WUs containing the Rfam 10.0 seed alignments have been almost finished, so we are planning to feed in the full alignments some time this weekend. Again, Linux x64 machines will be challenged. This time, the maximum run time (Intel P8600 CPU, 2.4 GHz) is an impressive 285 hours job - but as usual this one is an exception out of a total of 1445 tasks. Die "seed" Alignments der aktuellen Rfam 10.0 Version sind in recht kurzer Zeit nahezu komplettiert worden, sodass wir dieses Wochenende das Einspeisen der "full" Aligments angehen möchten. Auch dieses Mal werden angesichts des Rechenanspruchs nur Linux x64 Maschinen bedient. Wir rechnen mit einer maximalen Laufzeit von beeindruckenden 285 Stunden auf einem Intel P8600 Prozessor (2,4 GHz) - allerdings nur für eine von insgesamt 1445 WUs. Michael.
94) Message boards : News : Rfam 10.0 issue resolved, seed WUs released (Message 200) Posted 30 Jul 2010 by Michael H.W. Weber Post: After resolving a small uncertainty with the latest Rfam database release, we have now prepared and uploaded novel work to the RNA World server for those who run Linux x64 machines. The maximum CMCALIBRATE run time of the current set of Rfam 10.0-based work units as estimated on an Intel P8600 CPU at 2.4 GHz is 72:50 (hh:mm). The vast majority of WUs, however, will take only around one hour (approx. 10 WUs out of a total of 1446 require run times above 20 hrs). I hope this is acceptable even without checkpointing. Nachdem die Unklarheit bezueglich eines Alignments in der 'seed' Version der neusten Rfam 10.0 Datenbank geklaert werden konnte, haben wir nun den angekuendigten Satz neuer CMACLIBRATE WUs auf den Server geladen. Die maximale Laufzeit - gemessen auf einem Intel P8600 Prozessor (2,4 GHz) - sollte 72:50 Stunden (ss:mm) dauern. Die Mehrheit der WUs liegt allerdings deutlich darunter und zwar bei ca. 1 Stunde Rechenzeit (ca. 10 WUs von genau 1446 liegen oberhalb von 20 Std.). Ich hoffe, das ist selbst ohne Checkpointing akzeptabel. Michael.
95) Message boards : News : Release of CMCALIBRATE mini WUs (Message 199) Posted 26 Jul 2010 by Michael H.W. Weber Post: I just uploaded a first mini set of the new CMCALIBRATE WUs for Linux-x64 that are based on Rfam-10.0. Ein erster Satz CMCALIBRATE Mini-WUs für Linux-x64 Maschinen wurde gerade zur Abarbeitung bereit gestellt. Diese WUs basieren auf der neusten Rfam-10.0 Datenbankversion. Michael.
96) Message boards : News : Delay of CMCALIBRATE WU delivery (Message 198) Posted 25 Jul 2010 by Michael H.W. Weber Post: The announced CMCALIBRATE WUs have already been prepared. It seems, however, that there might be a minor inconsistency in the current Rfam 10.0 database data set which we would like to have clarified before we release the new work. Obwohl angekündigten CMCALIBRATE WUs bereits zur Ausgabe vorbereitet sind, können wir sie erst ausgeben, sobald wir eine kleinere Datensatzinkonsistenz in der neusten Rfam 10.0 Version geklärt haben. Michael.
97) Message boards : News : New set of CMCALIBRATE WUs (Message 197) Posted 13 Jul 2010 by Michael H.W. Weber Post: Probably on the weekend we will release new CMCALIBRATE WUs for 64 bit-based Linux systems. These WUs will naturally be a bit more demanding than the CMSEARCH stuff we are mainly running at present, so make sure you adjust your project setting accoringly to receive only those WUs which your machines can handle - although the new WUs should not be much more demanding than what we had before with CMCALIBRATE (maybe with a few exceptions, however). Wahrschenlich schon am Wochenende werden wir einen neuen Satz CMCALIBRATE WUs für 64-Bit basierte Linux Systeme in die freie Wildbahn entlassen. Diese WUs werden erwartungsgemäß etwas anspruchsvoller sein, als was wir aktuell mit CMSEARCH berechnen. Schaut also bitte, dass ihr eure Projekteinstellungen entsprechend anpasst, damit ihr wirklich nur diejenigen WUs bekommt, die eure Maschinen auch bewältigen können. Die neuen CMCALIBRATE WUs sollten allerdings nur unwesentlich anspruchsvoller sein, als was wir bisher mit CMCALIBRATE berechnet hatten, allerdings könnte es ein paar Ausnahmen geben. Michael.
98) Message boards : News : Bilingual NEWS messages (Message 196) Posted 11 Jul 2010 by Michael H.W. Weber Post: From now on we will post all NEWS messages in two languages: English and German. Ab heute werden wir sämtliche NEWS-Meldungen zweisprachig herausgeben: Auf Englisch und Deutsch. Michael.
99) Message boards : News : Brief conference update (Message 177) Posted 25 Jun 2010 by Michael H.W. Weber Post: Just a short note on the latest developments: I am currently experiencing remarkable interest in our project at the RNA conference in Seattle. It seems that quite a number of people is interested in cooperating with us in the future. Some of these people do have full trancriptome sequences available that would help us to validate our computational results on a lab experimental basis. So, I think these are really exciting news. Michael.
100) Message boards : News : RNA World conference presentation (Message 176) Posted 17 Jun 2010 by Michael H.W. Weber Post: Today I would like to inform you that we will present the RNA World distributed computing project at the RNA 2010 conference of the RNA Society held next week in Seattle/USA. Thanks a lot for your valuable contributions which ultimately made this presentation possible and hopefully will allow us to make new contacts to many RNA researchers in order to establish additional cooperation projects. Please also note that this will be the second official presentation of the RNA World project within eight months, so we are quite happy about that and will now prepare to publish our first scientific results in a peer-reviewed journal. Michael.

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