RNA World (beta)

RNA World (beta) needs donations

The RNA World (beta) project needs donations to cover the BOINC project server (bandwidth and traffic) costs. Please support us and donate!

Posts by Michael H.W. Weber

41) Message boards : News : Checkpointing coming up (Message 325)
Posted 2845 days ago by Profile Michael H.W. Weber
I'm new to this project so can you give me more information on the use of the checkpoint system and how I need to setup the VM? I'd be willing to use beta test anything.

It is quite simple to participate: Install the latest version of BOINC (but not the beta version). Install the 4.2.16 version of VirtualBox (not the latest 4.2.18 - it is buggy). Go to the RNA World project setup and enable the VM apps. Reset RNA World in your BOINC manager - that's it. ;-)

Michael.
42) Message boards : News : Checkpointing coming up (Message 324)
Posted 2845 days ago by Profile Michael H.W. Weber
The Checkpinting ... is it Guinness? Or Smithwick's (I'll take that one if I have the choice)?

...I corrected it. ;-)

Michael.
43) Message boards : News : Checkpointing coming up (Message 320)
Posted 2876 days ago by Profile Michael H.W. Weber
Presumably next wednesday we will install the new checkpointing system. So please do not be surprised if there is a system outage. Old WUs should be preocessed as usual - so do not worry about your long-runners. If you like to use the checkpointing system, you will have to install VirtualBox. Of course, we will first send out WUs to the beta testers.

Kommenden Mittwoch werden wir voraussichtlich das neue Checkpointingsystem installieren. Es kann dadurch vorübergehend zu Serverausfällen kommen - also wundert euch nicht. Die alten WUs sollten ganz normal weiter prozessiert werden, also einfach laufen lassen. Um das neue Checkpointingsystem zukünftig nutzen zu können, muss lediglich VirtualBox installiert werden. Aber wir werden am Anfang natürlich erstmal nur die Betatester mit den neuen WUs bestücken.

Michael.
44) Message boards : News : 3rd place in Thomas Krenn Open Source Contest (Message 319)
Posted 2884 days ago by Profile Michael H.W. Weber
Hi guys - we did it. The RNA World team / Rechenkraft.net received the 3rd place in this year's Thomas Krenn Open Source Contest. This means, we will get server hardware worth 1000,- € in support of our project. It was a spontaneous application while we presented RNA World and Rechenkraft.net e.V. at the Berlin LinuxTag 2013 and therefore is worth double to us! Thanks to all participants.

Das RNA World Team / Rechenkraft.net hat den 3. Platz des diesjährigen Thomas Krenn Open Source Contests bekommen und wir erhalten somit Server Hardware im Wert von 1000,- €. Da dies eine ganz spontane Bewerbung auf dem Berliner LinuxTag 2013 war, bedeutet uns das Ergebnis umso mehr. Vielen Dank an alle Unterstützer!

Michael.
45) Message boards : News : LinuxTag 2013 (Message 318)
Posted 2954 days ago by Profile Michael H.W. Weber
First of all thanks to all the hard working participants and visitors at our booth at the Berlin LinuxTag 2013 - we had a great time. Spontaneously, the RNA World team paticipated at the Thomas Krenn Open Source Contest in order to acquire sophisticated server hardware. We will know how well we performed in a couple of weeks.
Moreover, during the 2nd RNA World Workshop / 1st Rechenkraft.net Hackathon which we put into practice as announced at the back space desk during the LinuxTag, we managed to achieve significant progress regarding RNA World's VM-based checkpointing and job submission interfaces.
Of course, we also took a couple of pictures which you can view here:

https://www.dropbox.com/sh/pix5w5se7ycfdk2/00h4utbYfH
https://www.dropbox.com/sh/bj2gq56imp3671j/5ITZiUqoAC

On top of that, our server administrator Yoyo presented a talk on BOINC's wrapper technology - you can find the slides here:

http://www.rechenkraft.net/wiki/images/c/c3/BoincYoYoWrapper.pdf

Vielen Dank an alle Helfer und Besucher unseres Standes auf dem Berliner LinuxTag 2013 - wir hatten eine Menge Spass und Erfolg bei unseree Präsentation. Das RNA World Projekt-Team nahm spontan an dem diesjährigen Thomas Krenn Open Source Contest teil, in der Hoffnung unsere Serverhardware weiter ergänzen zu können. In einigen Wochen werden wir wissen, ob wir unter den Auserwählten sind.
Desweiteren konnten wir im Rahmen des angekündigten 2. RNA World Workshops bzw. 1. Rechenkraft.net Hackathon nennenswerte Fortschritte im Hinblick auf ein VM basiertes Checkpointing und die Job Submission Interfaces von RNA World erarbeiten. Dazu nutzten wir die Arbeitsbank im hinteren Teil unseres Standes auf dem LinuxTag.
Ein paar Bilder von unserem Stand auf dem LinuxTag 2013 findet ihr hier:

https://www.dropbox.com/sh/pix5w5se7ycfdk2/00h4utbYfH
https://www.dropbox.com/sh/bj2gq56imp3671j/5ITZiUqoAC

Als krönenden Abschluss präsentierte unser RNA World Server Administrator Yoyo einen Vortrag über den praktischen Einsatz von BOINCs Wrapper Technologie - die PowerPoint-Folien findet ihr hier:

http://www.rechenkraft.net/wiki/images/c/c3/BoincYoYoWrapper.pdf

Michael.
46) Message boards : News : RNA World & Rechenkraft.net: LinuxTag 2013 in Berlin (Message 317)
Posted 2991 days ago by Profile Michael H.W. Weber
This one is just in German, because there will barely be anybody who will join us at a conference in Berlin.

Ein fröhliches Hallo an alle Interessierten im Bereich "Distributed Computing",
der seit 2005 in Deutschland operierende gemeinnützige Verein Rechenkraft.net e.V. wird dieses Jahr einen Stand auf dem Berliner LinuxTag präsentieren und Du kannst daran teilhaben:

Termin & Ort:
22.-25. Mai 2013,
Messehalle 7.1c unter dem Berliner Funkturm, Berlin

Wir waren dieses Jahr bereits auf den Chemnitzer Linux-Tagen vertreten und hatten dort eine Menge Spass und positive Rückmeldungen für unsere Distributed Computing Leidenschaft erhalten. Als man uns dann auch noch seitens des Berliner LinuxTags angesprochen hatte, ob wir nicht auch in Berlin teilnehmen möchten, haben wir spontan zugesagt. Die Planungen haben nun das Endstadium erreicht und deshalb senden wir euch heute diese Informationen.

Offizielle Infos im Web zum Berliner LinuxTag 2013:
http://www.linuxtag.org/2013/

Wir werden an unserem Stand neben allerlei Distrbuted Computing Projekten, die wir per Beamer auf eine Leinwand projizierend erklären werden, dieses Jahr vor allem die beiden Projekte Quake Catecher Network und (QCN) Radioactive@home (RAH) vorstellen. Und zwar selbstversändlich mit komplettem Sensoren-Satz, sodass man am Stand live sehen kann, wie diese Projekte arbeiten. Worum geht es dabei überhaupt? QCN ist ein weltweites Sensornetzwerk für Erdbeben und RAH mißt in einem weltweiten Netzwerk die Gammahintergrundstrahlung.
Zusätzlich werden wir am Stand allerlei ARM-basierte Hardware haben, da wir uns aktuell mit der Portierung von DC-Projekten auf den Smartphonebereich befassen.

Planung & Diskussionsforum für den Berliner LinuxTag auf Rechenkraft.net:
http://www.rechenkraft.net/phpBB/viewtopic.php?f=12&t=12761

Wer bei uns am Stand mitarbeiten will, der trägt sich einfach für den gewünschten Termin in unserem unten stehenden Organisationsplan (Doodle) ein. Natürlich erhalten alle Helfer freien Zutritt zur Messe. Bei uns läuft das üblicherweise sehr locker ab, sodass eigentlich jeder, der ein wenig von Distributed Computing versteht, dabei sein kann. Und keine Sorge, Du wirst nicht alleine dort stehen: 8 Leute haben schon verbindlich zugesagt. Ich selbst bin natürlich auch da.

Doodle-Umfrage zur Planung unsere Standbesetzung:
http://www.doodle.com/x9edtedn35tw5hp5

Natürlich müssen wir ein bischen planen, wer was mitbringt. Und das passiert in folgedenm Forenbereich.

Wer bringt was mit zum LinuxTag:
http://www.rechenkraft.net/phpBB/viewtopic.php?f=12&t=12830

Da wir dieses Jahr am Stand parallel zur regulären Präsentation diverser Distributed Computing Projekte das erste Rechenkraft.net Hackathon bzw. (je nach Ausgestaltung) den 2. RNA World Workshop durchführen möchten, sammeln wir in folgendem Forenbereich Ideen für das anzugehende Programmierprojekt.

Ideen für das Projekt des 1. Rechenkraft.net Hackathon / 2. RNA World Workshops:
http://www.rechenkraft.net/phpBB/viewtopic.php?f=76&t=12829

Wir hoffen, zahlreiche Interessierte und Unterstützung unter bzw. durch euch zu finden!
Da wir bei den Veranstaltern SCHNELLSTMÖGLICH die Mitarbeiternamen angeben müssen, bitten wir euch dringend, euch möglichst heute noch im oben verlinkten Doodle einzutragen, wenn ihr uns beistehen möchtet.Wie gesagt: Man muss nicht jeden Tag teilnehmen, es ist also auch möglich, NUR am Samstag oder so zu kommen.

Beste Grüße,
Michael.
- - - - -
Dr. Michael Weber
Vorstandsvorsitzender
Rechenkraft.net e.V. - Verein zur Förderung von Bildung, Forschung & Wissenschaft durch Einsatz vernetzter Computer
Chemnitzer Str. 33
D-35039 Marburg
Germany

Web: http://www.rechenkraft.net
Mail: kontakt ät Rechenkraft.net

Unsere Distributed Computing Projekte:
RNA World: http://www.rnaworld.de
Yoyo@home: http://www.rechenkraft.net/yoyo/

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EDIT :
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Nochmal: Wenn jemand von euch Lust hat, bei uns am Stand dabei zu helfen, anderen das Thema DC schmackhaft zu machen, dann tragt euch im Doodle ein. Wir werden dem Betreffenden ein 4-Tagesticket besorgen. Dasselbe gilt für Leute, die am Stand beim RKN Hackathon teilnehmen wollen. Wir planen, für alle aktiven im Doodle registrierten Teilnehmer in Berlin eine gemeinsame FeWo zu mieten. RKN wird dort höchstwahrscheinlich finanzierend einspringen. Also ran an die Bouletten!
47) Message boards : News : ARM developer hardware (Message 315)
Posted 3045 days ago by Profile Michael H.W. Weber
Thanks to JagDoc the RNA World team has received an ODROID-U2 developer board plus some additional equipment which will now allow us to port RNA World code to ARM systems.

Vielen Dank an JacDoc für die grosszüggige Bereitstellung eines ODROID-U2 Entwicklerboards inkl. einiger zusätzlicher Hardware zwecks Portierung von RNA World Code auf ARM Systeme.

Michael.
48) Message boards : News : Only few small WUs available (Message 282)
Posted 3213 days ago by Profile Michael H.W. Weber
We are currently running a bit short on small WUs. Soon, new WUs of this type will be generated.

Die Zahl der im System verbliebenen kurzen WUs ist momentan gering, aber wir werden bald neue einstellen.

Michael.
49) Message boards : News : New work available (Message 279)
Posted 3271 days ago by Profile Michael H.W. Weber
We have again added several new work unit archives to the server - all with short runtimes and pseudo-checkpointing (i.e. these WUs contain multiple small genomes to be checked for ncRNAs in a single file).

Es sind wieder etliche neue Arbeitspakete mit vergleichsweise kurzen Laufzeiten auf dem Server verfügbar.

Michael.
50) Message boards : News : 1. RNA World Workshop successful (Message 277)
Posted 3348 days ago by Profile Michael H.W. Weber
Now that the 1st RNA World Workshop is over, I thought it might be nice to drop a brief note on what we have achieved. In short, enjoying a wonderful relaxing work environment, we managed to install Linux on the BeagleBoard-xM which harbors an ARM Cortex-A8 CPU and we successfully compiled and tested the RNA World science applications on that system. Moreover, we now also have a client for the ARM Cortex-A9 CPU which is found in some of the latest tablet and smartphone hardware. The test results obtained so far are encouraging us to further follow up the idea of making RNA World universally available on ARM-based hardware.

Nachdem nun der 1. RNA World Workshop vorüber ist, möchte ich hier kurz ein paar Zeilen zu den erreichten Ergebnissen präsentieren. Es ist uns in einer wunderbar entspannten Arbeitsumgebung gelungen, Linux auf dem BeagleBoard-xM zu installieren. Dieser Einplatinencomputer enthält einen ARM Cortex-A8 Prozessor, für den es uns gelang, die RNA World Quellcodes zu kompilieren und erste Tests mit den resultierenden Binaries durchzuführen. Auch für den ARM Cortex-A9, den man in neuerer Tablet- und Smartphone-Hardware findet, konnten wir einen Client erzeugen. Die bisherigen Testergebnisse sind ermutigend genug, um die Idee weiterzuverfolgen RNA World auf ARM-basierter Hardware verfügbar zu machen.
51) Message boards : News : 1. RNA World Workshop in Wieda (Harz/Germany) (Message 276)
Posted 3378 days ago by Profile Michael H.W. Weber
Vom 17. bis zum 20. Mai findet in Wieda im Harz der 1. RNA World Workshop statt. Hintergrund des Ganzen ist unser Bestreben, möglichst viele Projektinteressierte so aktiv wie möglich in RNA World einzubinden. Wir möchten deshalb dieses Jahr die Gelegenheit nutzen, RNA World Interessierte zum 1. RNA World Workshop im Rahmen des seit Jahren stattfindenden teamübergreifenden BOINC Treffens zusammenzubringen. Dieses Jahr wollen wir unter anderem gemeinsam probieren, ob wir ARM-basierte Systeme für RNA World nutzbar machen können. Alles weitere kann im Forum besprochen werden.
Interessenten laden sich bitte das Anmeldeformular mit weiteren Informationen herunter.

The 1st RNA World Workshop will be held from 17th-20th May in Wieda (Harz/Gemany). The idea behind this workshop is our aim to integrate as many RNA World-interested people as possible in a more active manner. For this reason, this year we would like to take advantage of the opportunity to bring RNA World-interested people together at the 1. RNA World Workshop which will be held together with the team-independent BOINC Meeting which takes place in Germany since many years. In this year's RNA World workshop, we would like to see whether we can get ARM-based machines to run with RNA World. Further details can be discussed in the RNA World forum.
People interested in participation may download the registration form with further information (e.g. on accomodation, etc.). For our foreign supporters we are aware that this announcement comes on short notice, but this year we would just like to first take a look at how much interest there is for such a gathering before we go ahead with plannings for an internationally suitable meeting.
Michael.
52) Message boards : News : Results, presentations, publications summary section updated (Message 275)
Posted 3388 days ago by Profile Michael H.W. Weber
We just updated our results, presentations and publications section on the project website to give a more complete overview of the project achievements so far.

Wir haben heute den Projektwebseitenbereich Ergebnisse, Präsentationen und Publikationen aktualisiert, um das bisher Erreichte vollständiger zu dokumentieren.

Michael.
53) Message boards : News : RNA World at the 2nd Heidelberg Forum for Young Life Scientists (Message 274)
Posted 3439 days ago by Profile Michael H.W. Weber
The 2nd Citizen Cyberscience Summit in London is barely over while I am almost on the road again to head for the next RNA World project presentation - this time at the 2nd Heidelberg Forum for Young Life Scientists which takes place from 23rd to 24th of February in Heidelberg/Germany. I think it is worth to note that besides the RNA World presentation, Rechenkraft.net e.V. will additionally show up with their own booth to celebrate its premiere as an official sponsor of a scientific event.

Der zweite Citizen Cyberscience Kongress in London ist kaum vorüber, da befinde ich mich auch schon auf dem Weg zur nächsten RNA World Projektpräsentation - diesmal vom 23.-24. Februar in Heidelberg auf dem 2nd Heidelberg Forum for Young Life Scientists. Bei der Gelegenheit wird Rechenkraft.net e.V. übrigens zusätzlich zur RNA World Präsentation mit einem eigenen Stand sein Debüt als offizieller Sponsor einer wissenschaftlichen Veranstaltung feiern.

Michael.
54) Message boards : News : RNA World at the 2nd Citizen Cyberscience Summit in London (Message 272)
Posted 3445 days ago by Profile Michael H.W. Weber
Tomorrow I will present a talk on the RNA World Project at the 2nd Citizen Cyberscience Summit in London. The focus will be on a novel type of user participation system which I term the 'RNA World Advanced User Participation Kit'. More details will follow soon. ;-)

Morgen werde ich das RNA World Projekt auf dem 2nd Citizen Cyberscience Summit in London präsentieren. Im Fokus wird ein neues System zu erweiterten Beteiligungsmöglichkeiten unserer Unterstützer am RNA World Projekt stehen. Einzelheiten werden bald bekannt gegeben. ;-)

Michael.
55) Message boards : News : Thanks to the charity race participants (Message 266)
Posted 3458 days ago by Profile Michael H.W. Weber
Now that the 2012 charity race is over we would like to thank all the participants for crunching away an amazing pile of work units! You guys are just terrific! ;-)

Michael.
56) Message boards : News : Small WU archives up and running as announced (Message 263)
Posted 3475 days ago by Profile Michael H.W. Weber
und auf deutsch ? :P

...oh ja, das vergesse ich manchmal - demnächst wieder. Momentan steht aber auch alles im deutschen Forum.

Michael.
57) Message boards : News : Small WU archives up and running as announced (Message 261)
Posted 3476 days ago by Profile Michael H.W. Weber
The test runs were completed successfully and the server has been charged with a number of additional small WU archives as announced before. Enjoy! And thanks for your great support! ;-)

Michael.
58) Message boards : News : Additional WUs for the charity race... (Message 259)
Posted 3478 days ago by Profile Michael H.W. Weber
Yes, we are doing our best to keep up the supply of even the small WUs. Two test archives with a total of 12.000 small WUs were already uploaded to the server. More will follow as soon as these appear to work out fine.

MIchael.
59) Message boards : News : Additional WUs for the charity race... (Message 257)
Posted 3478 days ago by Profile Michael H.W. Weber
...are in preparation. We hope to have these ready for delivery during this weekend. A lot of small WUs should be there as well to complement the remaining long runners.

Michael.
60) Message boards : News : Merry christmas and a happy new year (Message 255)
Posted 3500 days ago by Profile Michael H.W. Weber
The RNA World team wishes a merry christmas and a happy new year to all of our volunteers. Thank you very much for all your valuable contributions.

Michael.