RNA World (beta)

RNA World (beta) needs donations

The RNA World (beta) project needs donations to cover the BOINC project server (bandwidth and traffic) costs. Please support us and donate!

Posts by Michael H.W. Weber

21) Message boards : News : Play EteRNA - An RNA game (Message 372)
Posted 1980 days ago by Profile Michael H.W. Weber
We are now 7 people in the group and I entered the list of the top 500 players a few days ago.

Maybe we could share or RNA design strategies in the forum?

Michael.
22) Message boards : News : Play EteRNA - An RNA game (Message 371)
Posted 1987 days ago by Profile Michael H.W. Weber
Our team already contains 4 players.

Michael.
23) Message boards : News : Play EteRNA - An RNA game (Message 370)
Posted 1994 days ago by Profile Michael H.W. Weber
I just entered the list of the top 1000 players and created a Rechenkraft.net group at EteRNA.

Michael.
24) Message boards : News : Play EteRNA - An RNA game (Message 369)
Posted 1996 days ago by Profile Michael H.W. Weber
As many things slow down a bit between christmas and new years day, I thought it might be a good idea to recommend to you a browser-based game dealing with RNA. In fact, it is more than a game. It is a citizen science gamification approach to learn about and to help design RNA molecules. Even more, the RNA you design could actually be synthesized in the lab to test its real-life properties. The game is called EteRNA and, if you are interested, you should just register at this URL and start playing: http://www.eternagame.org/web/

If you like, initilly check out this approx. 3 minutes video and/or read this brief overview.

I actually spent the past three days playing in a row and if you like, you may also discuss this game in this thread over at our Rechenkraft.net forum.

Do not hesitate to try it out - even if you do not have the slightest idea of what RNA actually is. You will understand things quickly once you walk through their tutorial. Promised.

For the future experts: You will soon figure out that loops may pose a problem. Professional overview is found here:

Internal loops: http://rna.bgsu.edu/rna3dhub/motifs/release/il/current
Hairpin loops: http://rna.bgsu.edu/rna3dhub/motifs/release/hl/current

Have fun!!!
Michael.

Da zwischen den Jahren viele Dinge etwas langsamer ablaufen und man etwas mehr Zeit hat als sonst, dachte ich mir, dass es eine gute Idee sein könnte, euch ein Browser-basiertes RNA Spiel zu empfehlen. Genau genommen ist es mehr als ein Spiel. Es ist eher ein Citizen Science Projekt, bei dem man spielerisch etwas über RNA lernen und beim Design von RNA-Molekülen helfen kann. Mehr noch, die von euch designten RNA Moleküle können sogar zur Synthese ausgewählt werden, um ihre Eigenschaften im Labor genau zu untersuchen. Das Spiel heisst EteRNA und wer Interesse hat, möge sich unter dieser URL registrieren und zu spielen beginnen: http://www.eternagame.org/web/

Wenn ihr möchtet, schaut auch zu Beginn dieses ca. 3 minütige Video an und/oder lest euch diese kurze Zusammenfassung durch.

Ich habe die letzten drei Tage mit Spielen verbracht und wenn ihr möchtet, könnt ihr dieses Spiel auch in diesem Themenbereich in unserem Rechenkraft.net Forum diskutieren.

Zögert bitte nicht, es auszuprobieren - auch wenn ihr vielleicht nicht die leiseste Ahnung habt, was RNA eigentlich ist. Ihr werdet es rasch verstehen, wenn ihr euch erstmal durch deren kurzes Tutorial gespielt habt. Versprochen!

Für unsere zukünftigen Experten: Ihr werdet bald merken, dass insbesondere Schleifenregionen Probleme aufwerfen. Professionelle Übersichten zu diesem Themenbereich findet ihr hier:

Interne Schleifen: http://rna.bgsu.edu/rna3dhub/motifs/release/il/current
Hairpins: http://rna.bgsu.edu/rna3dhub/motifs/release/hl/current

Viel Spass!!!
Michael.
25) Message boards : News : Merry christmas! (Message 368)
Posted 2000 days ago by Profile Michael H.W. Weber
The RNA World team wishes all our contributers a merry christmas!

Das RNA World Team wünscht all unseren Unterstützern ein fröhliches Weihnachtsfest.

Michael
26) Message boards : News : Credits-granting in progress (Message 367)
Posted 2056 days ago by Profile Michael H.W. Weber
As some of you might already have noticed: We have awarded credits from our manual WU inspection as announced earlier here on the main page. Some more WUs need inspection but the majority should now be completed.

Wie einige von euch wahrscheinlich schon bemerkt haben, wurden inzwischen etliche Credits für unsere manuellen WU-Überprüfungen vergeben. Ein wenig Arbeit liegt noch vor uns, aber die übewiegende Mehrheit sollte nun komplett sein.

Michael.
27) Message boards : News : Meet the RNA World Team at Maker Faire Berlin (Message 366)
Posted 2067 days ago by Profile Michael H.W. Weber
Here we have some photos of our booth for you.

Hier haben wir ein paar Fotos für euch von unserem Stand auf der Maker Faire.

Michael.
28) Message boards : News : Meet the RNA World Team at Maker Faire Berlin (Message 365)
Posted 2085 days ago by Profile Michael H.W. Weber
This weekend, the RNA World team will be present at the exhibition booth of Rechenkraft.net e.V. on the Maker Faire in Berlin. If you like to meet us, you may just drop by at our booth any time between 10 am to 6 pm on 3rd or 4th of October. Here is a list what else can be seen.

Dieses Wochenende wird das RNA World Team am Ausstellungsstand von Rechenkraft.net e.V. auf der diesjährigen Maker Faire in Berlin sein. Wer uns treffen möchte, kann uns am 3. und 4. Oktober jederzeit zwischen 10-18 Uhr am Stand besuchen. Hier ist eine Übersicht, was es sonst noch so zu sehen gibt.

Michael.
29) Message boards : News : A first prototype of the results database (Message 363)
Posted 2168 days ago by Profile Michael H.W. Weber
Just a brief information: Christian informed me that an initial prototype of the RNA World results database is now ready for internal testing.
As some of you might know, we were kind of overwhelmed by the tremendous amount of data that is being generated by this project (must be something around 8 TB by now - in compressed form, of course). So we figured that we would have to create a custom database design to efficiently cope with long-term data storage, straight forward data analysis and convenient web-access to the the data sets and the derived results.

Eine kurze Hintergrundinformation: Christian hat mich informiert, dass der erste Prototyp unserer RNA World Ergebnisdatenbank zu internen Testzwecken bereit steht.
Wie einige von euch wissen, sind wir von der schier ungeahnten Menge an generierten Datensätzen ziemlich überrascht worden (es müssen mittlerweile etwa 8 TB sein - in komprimierter Form, versteht sich). Wir sind deshalb zu dem Schluss gekommen, dass es unumgänglich ist, in Eigenarbeit eine speziell auf unsere Bedürfnisse zugeschnittene Datenabank zu erzeugen, damit die Langzeitspeicherung der Rohdaten, eine effiziente Datenanalyse und ein möglichst selbsterklärender Zugriff auf die Datensätze und Ergebnisse sichergestellt werden kann.

Michael.
30) Message boards : News : Manual WU inspection in progress (Message 362)
Posted 2189 days ago by Profile Michael H.W. Weber
Besides implementing the virtual screening pipeline on the RNA World server, we are currently working on the inspection of the results of the very long running tasks you have returned to our server. This is quite time-consuming, because we have to do this manually as there is no BOINC-based automated way of validating the results of XXL WUs versus those of the more recently developed VM-based WUs. As a result of our progress, you may have noticed, that from time to time our server will hand out a few more of the challenging tasks. Of course, all of these will be of the VM-type so you do not have to worry about checkpointing and the missing of deadlines as these WUs auto-extend the deadlines as long as your machine is online from time to time and can contact our server to provide progress information.

Neben der Implementierung unserer "Virtual Screeening"-Pipeline auf dem RNA World Server, befassen wir uns derzeit mit der Validierung der Ergebnisse der von euch zurückgelieferten "Langläufer"-WUs. Dies ist insofern sehr zeitaufwändig, als wir dies nur durch manuelle Inspektion abarbeiten können, da es unter BOINC keine server-automatisierte Möglichkeit gibt, die Ergebnisse der älteren XXL-WUs mit denen der neueren VM-WUs abzugleichen. Als Resultat unserer Aktivitäten werdet ihr vermutlich bereits festgestellt haben, dass unser Server von Zeit zu Zeit erneut einige der aufwändigeren WUs ausliefert. Diese sind allesamt vom VM-Typ, sodass ihr euch keine Sorgen über fehlendes Checkpointing oder Abgabefristen zu machen braucht, da sich die Abgabefristen dieser WUs automatisch verlängern, solange eure Maschine von Zeit zu Zeit Kontakt mit unserem Server aufnehmen kann.

Michael.
31) Message boards : News : A virtual screening pipeline for RNA World (Message 361)
Posted 2230 days ago by Profile Michael H.W. Weber
Does this mean that the search for such molecular binders to affect Ribonucleic Acids and their functioning as messengers for the building of protein strands in DNA and the regular functioning of cells are going to run inside of a distributed client as part of the job process, and that such a search is actually going to take place inside of running distributed clients? If so that is most incredible and certainly awe inspiring. Can't wait to see it!

Brian Joseph Johns

Yes, that is what we aim at.

Today, major efforts are undertaken to find drugs acting on proteins. What we are interested in - besides this established and useful approach - is finding drugs that act at the level of RNA. Here, again we are mainly interested in non-coding RNAs but targets could of course also represent mRNAs that serve as templates to make proteins.
In fact, the whole cellular mechanism of RNA interference is based on modulating / abolishing synthesis of key player proteins by interfering with their synthesis at the mRNA level.
So, if the inactivation of a protein by means of a drug results in alleviating a disease process, the same result could be oberserved upon inactivating its mRNA (i.e. acting at an even earlier level).

Michael.
32) Message boards : News : A virtual screening pipeline for RNA World (Message 359)
Posted 2232 days ago by Profile Michael H.W. Weber
After quite some work, only a few day ago, I successfully finished the local experiments and the compilation of a proper process / protocol documentation aiming at setting up a virtual screening pipeline within the RNA World framework.
One of the next steps will be the incorporation of the required new applications into our BOINC server infrastructure.
Of course, besides aiming at examining RNA-binding proteins, I am also (and in fact primarily) interested in using RNAs as target structures to find molecular binders that enhance/interfere with RNA functions.

Nach einigen Vorarbeiten konnte ich vor ein paar Tagen die lokalen Experimente und die zugehörige Prozessdokumentation für das Aufsetzen einer "virtual screening"-Pipeline im Rahmen von RNA World abschliessen.
Als nächstes steht nun u.a. die Einbindung der erforderlichen neuen Applikationen in unsere BOINC-Serverinfrastruktur an.
Selbstverständlich interessiere ich mich neben der Untersuchung RNA-bindender Proteine auch (und eigentlich in erster Linie) dafür, RNAs als Zielstrukturen einzusetzen, um daran bindende Moleküle zu identifizieren, welche die jeweilige RNA in ihrer Funktion beeinträchtigen.

Michael.
33) Message boards : News : Power outage simulation on 25th of March 2015 (Message 358)
Posted 2246 days ago by Profile Michael H.W. Weber
The test was completed successfully.

Der Test verlief erfolgreich.

Michael.
34) Message boards : News : Power outage simulation on 25th of March 2015 (Message 357)
Posted 2289 days ago by Profile Michael H.W. Weber
Our server has successfully migrated to its final destination, the new RNA World laboratory (details will follow).
On 25th of March, presumably between 3-4 pm local time (GMT+1), a general power failure will be artificially caused in order to check whether all priority electrical systems will successfully switch to the emergency power infrastructure.
The RNA World server will be inaccessible during this short test period.

Unser Server wurde erfolgreich an seinen endgültigen Standort verfrachtet, das neue RNA World Labor (Details folgen).
Am 25 März wird voraussichtlich zwischen 15-16 Uhr lokaler Zeit (GMT+1), ein vollständiger Stromausfall simuliert, um zu prüfen, ob alle elektrischen Primärsysteme problemlos durch die Notstromversorgung am Laufen gehalten werden.
Der RNA World Server wird in dieser kurzen Zeitspanne vom Netz gehen.

Michael.
35) Message boards : News : Happy new year! (Message 356)
Posted 2358 days ago by Profile Michael H.W. Weber
The RNA World team would like to wish all of you a happy new year! We hope, you had a nice christmas season and thanks a lot again for your continued support of our project.
After having solved a number of issues with the VM checkpointing approach, soon we plan to release new work units - just stay tuned.

Wir wünschen euch allen ein glückliches neues Jahr und hoffen, dass ihr ein schönes Weihnachtsfest verbringen konntet. Vielen Dank noch einmal für eure anhaltende Unterstützung dieses Projekts.
Nachdem noch einige Probleme mit unserem VM-Checkpointing-Ansatz gelöst werden konnten, planen wir demnächst wieder neue Aufgaben auszugeben.

Michael.
36) Message boards : News : New regular-sized WUs available (Message 349)
Posted 2521 days ago by Profile Michael H.W. Weber
After long rounds of testing of the VM checkpointing system, today we have finally released a new set of WUs. These complete one of our virus projects and are small to medium in size. Once this work bunch is completed we will move on to an overall update of the science apps which will be followed by a lot of new work.

Nach langem Testen des VM-Checkpointingsystems haben wir heute endlich einen neuen Satz an WUs verfügbar gemacht. Diese vervollständigen eines unserer Virenprojekte und umfassen kleine bis mittlere WU-Größen. Sobald dieser Arbeitssatz durchgerechnet ist, möchten wir die Science-Apps aktualisieren und werden danach eine ganze Menge neuer Arbeit haben.

Michael.
37) Message boards : News : Latest VirtualBox version now possible (Message 342)
Posted 2772 days ago by Profile Michael H.W. Weber
So far you had to specifically use version 4.2.16 of VirtualBox to ensure proper function of our novel checkpointing approach. Now you may use any of the later versions - the bug is no more relevant for us.

Bislang mußtet ihr stets Version 4.2.16 von VirtualBox installieren, damit es zu keinen Problemen mit unserem neuen Checkpointing-Ansatz kam. Ab sofort könnt ihr auch alle neueren Versionen verwenden. Der Fehler ist behoben.

Michael.
38) Message boards : News : Reported bugs under examination, partly resolved (Message 341)
Posted 2775 days ago by Profile Michael H.W. Weber
Based on your bug reports we managed to identify and resolve a number of bugs in the virtual machine (VM) approach. A very limited set of WUs have been generated to examine the system behavior. It appears that some issues remain with the Linux version. We will keep you informed.

Basierend auf euren Berichten konnten wir eine Reihe von Fehlern in unserer Virtuellen Maschine (VM) identifizieren und beheben. Momentan zirkuliert ein sehr begrenzter Satz von neuen WUs, um zu prüfen, ob jetzt alles sauber läuft. Es sieht so aus, dass es unter Linux noch ein Problem gibt. Wir halten euch auf dem Laufenden.

Michael.
39) Message boards : News : new Applications using VirtualBox released (Message 336)
Posted 2792 days ago by Profile Michael H.W. Weber
I think we solved that client BOINC bug, but I'm not sure if it will be included in the upcoming public release or not.

For our project, that fix is an essential issue. Please try to make this clear to David and thank you for your comments.

Michael.
40) Message boards : News : Results section updated (Message 326)
Posted 2808 days ago by Profile Michael H.W. Weber
Today I have taken some time to update the RNA World project results section - especially with respect to our initial three publications, although these three do not yet contain results of the RNA World computational efforts. We are also planning to make available several parts of our raw results, soon (open data-style).

Heute habe ich die RNA World Projektergebnisübersicht aktualisiert - insbesondere mit Hinblick auf unsere ersten drei Fachpublikationen, auch wenn diese noch keine RNA World Rechenergebnisse beinhalten. Wir haben desweiteren vor, schon bald eine Reihe unserer Rohdaten im Stil eines OpenData Ansatzes verfügbar zu machen.

Michael.