RNA World (beta)

RNA World (beta) needs donations

The RNA World (beta) project needs donations to cover the BOINC project server (bandwidth and traffic) costs. Please support us and donate!

Rfam 10.0 issue resolved, seed WUs released


Advanced search

Message boards : News : Rfam 10.0 issue resolved, seed WUs released

Author Message
Profile Michael H.W. Weber
Project administrator
Project scientist
Send message
Joined: 25 May 09
Posts: 146
Credit: 4,562,976
RAC: 395
Message 200 - Posted: 30 Jul 2010, 21:44:27 UTC
Last modified: 30 Jul 2010, 21:45:29 UTC

After resolving a small uncertainty with the latest Rfam database release, we have now prepared and uploaded novel work to the RNA World server for those who run Linux x64 machines. The maximum CMCALIBRATE run time of the current set of Rfam 10.0-based work units as estimated on an Intel P8600 CPU at 2.4 GHz is 72:50 (hh:mm). The vast majority of WUs, however, will take only around one hour (approx. 10 WUs out of a total of 1446 require run times above 20 hrs). I hope this is acceptable even without checkpointing.

Nachdem die Unklarheit bezueglich eines Alignments in der 'seed' Version der neusten Rfam 10.0 Datenbank geklaert werden konnte, haben wir nun den angekuendigten Satz neuer CMACLIBRATE WUs auf den Server geladen. Die maximale Laufzeit - gemessen auf einem Intel P8600 Prozessor (2,4 GHz) - sollte 72:50 Stunden (ss:mm) dauern. Die Mehrheit der WUs liegt allerdings deutlich darunter und zwar bei ca. 1 Stunde Rechenzeit (ca. 10 WUs von genau 1446 liegen oberhalb von 20 Std.). Ich hoffe, das ist selbst ohne Checkpointing akzeptabel.

Michael.
____________
Rechenkraft.net e.V. - Verein zur Foerderung von Bildung, Forschung und Wissenschaft durch Einsatz vernetzter Computer.


Post to thread

Message boards : News : Rfam 10.0 issue resolved, seed WUs released